Di samping itu, terdapat versi lain yang menyatakan bahwa D.N Aidit tertangkap di Jawa Tengah lalu dibawa oleh sebuah batalyon Kostrad ke Boyolali dan ditembak mati.
Sedangkan di versi yang lainnya lagi, Aidit meninggal dengan cara diledakkan bersama-sama dengan rumah tempatnya ditahan sehingga tidak ada yang mengetahui pasti jenazahnya.
Namun dalam buku Diantara Para Sahabat: Pak Harto 70 Tahun (1991), Kolonel Jasir Hadibroto sempat menuliskan tulisan untuk Soeharto berjudul “Tangguh dan Berbobot”.
Dalam buku tersebut, Jasir menceritakan kematian D.N Aidit menurut versinya.
Saat itu, menurut Jasir, ia sempat mendapat mandat untuk membersihkan PKI di Jawa Tengah dari Soeharto.
Singkatnya, Jasir menerima informasi bahwa Aidit akan pindah dari tempat persembunyiannya dari Kleco ke Sambeng, Solo, pada 21 November 1965. Jasir kemudian memerintahkan pasukannya untuk mengejar Aidit.
Pengejaran Jasir akhirnya berbuah setelah Aidit berboncengan dengan Sri Hartarto, intel Kostrad. Aidit kemudian disembunyikan di rumah anggota Serikat Buruh Kereta Api.
Malam sekitar pukul 21.00, Jasir bersama pasukannya mengepung rumah tersebut dan menemukan Aidit bersembunyi di sebuah lemari.
Aidit langsung digiring ke markas Brigif IV di Loji Gandrung.
Aidit, sebut Jasir, sempat meminta agar dibawa ke Presiden Soekarno. Namun, Jasir menilai jika ia diserahkan hidup-hidup, Aidit dipastikan akan bebas dan perjalanan sejarah akan berbeda.
Sehari selanjutnya, Aidit dibawa Jasir ke Boyolali tepatnya ke markas Batalyon Infanteri 444. Tempat itu kemudian diklaim Jasir menjadi tempat pengeksekusian D.N Aidit.
Jenazah petinggi PKI itu disebut dimasukkan ke dalam sumur di tempat tersebut.